Los troyanos, a pesar de haber algunos ejemplos inofensivos, son casi siempre diseñados con propósitos dañinos. Se clasifican según la forma de penetración en los sistemas y el daño que pueden causar. Los ocho tipos principales de troyanos según los efectos que producen son:
• Acceso remoto
• Envío automático de e-mails
• Destrucción de datos
• Troyanos proxy, que asumen ante otras computadoras la identidad de la infectada
• Troyanos FTP (que añaden o copian datos de la computadora infectada)
• Deshabilitadores de programas de seguridad (antivirus, cortafuegos…)
• Ataque DoS a servidores (denial-of-service) hasta su bloqueo.
• Troyanos URL (Que conectan a la máquina infectada a través de conexiones de módem, normalmente de alto coste)